In het project Spoorzone is voor het spoorse deel (alle werkzaamheden in verband met de aanleg van de spoortunnel) de Regeling Nadeelcompensatie Verkeer en Waterstaat 1999 van toepassing. Behalve deze werkzaamheden zijn er binnen de Spoorzone ook werkzaamheden in opdracht van de Gemeente Delft zoals de bouw van het nieuwe stadskantoor en woningen. Voor deze zogenaamde niet-spoorse werkzaamheden is de Gemeente Delft verantwoordelijk voor het afhandelen van de nadeelcompensatie.
Om te voorkomen, dat er binnen het project met twee regelingen gewerkt moet worden, die inhoudelijk nauwelijks verschillen, heeft de Raad van de gemeente Delft op 24 juni een wijziging van de Nadeelcompensatieregeling voor Delft vastgesteld. Daarmee is vastgelegd, dat ook voor het niet-spoorse deel van het project de regeling van Verkeer en Waterstaat van toepassing is.