De Prinses Irenetunnel ligt geheel op de spoortunnel. In verschillende fases wordt de spoortunnel door de Prinses Irenetunnel gebouwd. Fase 1 en 2 zijn op 25 juni 2012 afgerond. Vanaf die dag wordt er gestart met fase 3: de aanleg van de tunnel aan de zuidelijke zijde (kant Groene Haven/Engelsestraat) van de Prinses Irenetunnel. Dit betekent dat het verkeer vanaf deze dag over de noordelijke rijstroken door de Prinses Irenetunnel wordt geleid (zijde station). Fase 3 duurt circa 8 maanden, tot begin 2013.

Het omklappen van de rijstroken gebeurt na de spits, en rijstrook per rijstrook. Verkeersregelaars zorgen maandag en dinsdag voor een goede en veilige doorstroming van alle verkeer. Vanaf woensdag 27 juni is de verkeersregelinstallatie conform de nieuwe fase in bedrijf.

Het dubbelzijdig fietspad Westvest/kruising Zuidwal is ook vanaf 25 juni in gebruik.

De bouw van de spoortunnel door de Prinses Irenetunnel is een complexe opgave. Als eerste wordt tussen 2011 en 2015 de oostelijke spoortunnelbuis gebouwd. Nadat de treinen in 2015 ondergronds rijden, kan de westelijke spoortunnelbuis door de Prinses Irenetunnel gebouwd worden.