In de huidige plannen is de gracht vanwege de lage bruggen, het ondiepe water (80 cm diep) en het ontbreken van een aansluiting op het Bolwerk niet geschikt voor pleziervaart. Er ontstaat geen doorgaande vaarroute. Aan de kant van het Bolwerk komt er een zeer lage brug en aan de andere kant loopt de singel vlakbij de Binnenwatersloot dood. Voorbij Molen de Roos loopt het water ook dood.

Op dit moment wordt bekeken of het technisch en financieel haalbaar is om hogere bruggen aan te leggen en een doorgang van de Buitenwatersloot naar de nieuwe singel te maken.

De doorvaarthoogte van de bruggen wordt 2 meter. De bestaande Bolkbrug in de overgang Coenderstraat-Spoorsingel ligt buiten het Spoorzonegebied. Hier is de doorvaarthoogte ruim 1,90 meter in het midden van de brug. Deze brug wordt verbreed. Het bestaande deel blijft zoals hij is en het nieuwe deel krijgt een doorvaarthoogte van 2 meter.

Voor de doorvaarthoogte van de bruggen binnen Spoorzone is in de planvorming de hoogte van deze brug aangehouden. Deze brug werd namelijk voor de pleziervaart in de route naar het Rijn-Schiekanaal gezien als de "bottleneck".

Inmiddels blijkt voor deze pleziervaartroute een provinciale verordening te gelden. Deze eist dat de doorvaarthoogte voor nieuw aan te leggen bruggen in deze (type van) vaarroute ten minste 2 meter bedraagt. Dit betekent dat een aanpassing van de constructiehoogte van de bruggen of het verhogen van de aanliggende kades ter plekke van de bruggen, dan wel een combinatie daarvan, nodig is.

Er komt een grote ondergrondse fietsenstalling van 5000 plekken bij het station. Deze fietsenstalling wordt deels bewaakt. Er wordt nog onderzocht waar mogelijkheden zijn voor een extra fietsenparkeerstalling in de toekomstige situatie.

In het toekomstige Spoorzonegebied vindt parkeren zoveel mogelijk ondergronds plaats. De parkeerplekken onder het spoorviaduct op de Spoorsingel verdwijnen. Ter compensatie wordt naast de spoortunnel een nieuwe ondergrondse parkeergarage gebouwd met ongeveer 650 plaatsen.

Op dit moment werkt de gemeente aan een parkeernota voor het gehele Spoorzonegebied. Daarin worden ook parkeerplekken opgenomen voor de te realiseren woningen en kantoren en rondom het Station. Zie ook de pagina 'Verkeer en parkeren'.

Het huidige stationsgebouw wordt niet gesloopt. Dit prachtige pand krijgt na de opening van de nieuwe stationshal een horecabestemming.

Door de Spoorzone komt een nieuwe ontsluitingsweg voor bestemmingsverkeer. De nieuwe ontsluitingsweg loopt over het traject Phoenixstraat – Coenderstraat – verlengde Coenderstraat – Engelsestraat – Schieweg.

Trams en bussen blijven rijden via de Phoenixstraat en de Westvest. Deze straten blijven ook open voor bestemmingsverkeer.

De Irenetunnel verdwijnt en de Westlandseweg (of 'Ireneboulevard') gaat over de nieuwe spoortunnel heen. De Abtswoudse fietstunnel verdwijnt. Dit wordt een bovengrondse verbinding tussen oost en west voor fietsers, voetgangers en auto's. Klik hier voor meer informatie over verkeer en parkeren.

Na de verhuizing van alle ambtenaren naar het nieuwe stadskantoor biedt de gemeente het pand aan de Phoenixstraat 16 ter verkoop aan. De nieuwe eigenaar bepaalt wat er met het pand gebeurt, binnen de mogelijkheden van het bestemmingsplan.

De spoortunnel wordt, inclusief de toeritten, 2300 meter lang en loopt tussen het terrein van DSM/Gist en de Abtswoudseweg bij de Engelsestraat. De tunnel bestaat uit twee tunnelbuizen. De eerste tunnelbuis wordt volledig ingericht opgeleverd. De tweede tunnelbuis wordt casco opgeleverd, wat betekent dat er nog geen spoor in wordt aangelegd. Zodra het Ministerie van Verkeer en Waterstaat vindt dat er 4 sporen nodig zijn, wordt de tweede tunnelbuis ingericht met spoor, bovenleidingen en technische installaties.

Nee, de halte Binnenwatersloot vervalt definitief.
De halte Binnenwatersloot is per 8 februari 2010 komen te vervallen vanwege de ruimte die nodig is voor het bouwterrein. De vervoerders hebben jaren geleden aangegeven dat in Delft de bestaande tramhaltes op het traject Phoenixstraat-Westvest te dicht op elkaar geplaatst zijn.
In de toekomstige situatie komt de tramhalte NS-station dichter richting het Bolwerk te liggen. Dit wordt de halte voor reizigers richting de binnenstad. De halte Prinsenhof blijft in de toekomstige situatie gehandhaafd.